隶属于香港布政司署教育统筹科，是个署级机构，负责推行除高等教育和工业教育以外的所有教育政策及执行有关法例，管理所有官立学校。根据教育条例、教育规例、资助则例，以及专上教育学院条例和专上教育规例，监督和管理全港的幼儿园、小学、中学和专上学院，以及管理所有教师注册。该署主管为教育署长，其下设1名副署长，主管该署总部工作。
教育署设学校及服务部，策划及发展部，分别由1名高级助理署长领导。学校及服务部之下设两个科，即学校行政科与辅导服务科。策划及发展部之下设4个科，即总督学科、策划及建校科、专上教育科、语文教育科。学校行政科现分为3个地域(香港，九龙、新界)，每个地域由1名首席教育主任负责。其下分为15个行政区，每区由1名高级教育主任管理。每个行政区又分为若干分区，各分区由分区教育主任和助理分区教育主任管理。在分区制度下，各分区人员负责执行教育条例、教育规例和资助则例在法律与行政方面的规定，与其区内各学校经常保持密切联络，使教育署可以在各学校推行它的管理制度，迅速处理各种投诉，以及提供意见和指导。
学校行政科还与香港考试局合作，主办香港及海外公开考试。辅导眼务科下设特殊教育组和学生辅导组。前者主管为弱能儿童及情绪有问题或缺乏社会照顾的儿童而设的特殊教育工作。后者负责与志愿机构一起，在小学推行学生辅导计划，为小学生提供学校社会服务。目前有900多间小学接受这项服务。
总督学科下设各科目组别、课程发展组、各专门事务组和教育电视组。策划及建校科是教育署的主要部门，它关系到港府教育战略决策的贯彻落实。它负责制订完成教育新政策目标的策略、发展教育制度内的新意念和协调各科之间的策划工作。同时还负责鉴定和解决在实施已批准的政策时产生的问题，确保学校制度在整体上有足够的灵活性，以应付日益增长的需求。该科下设策划组、建校组、统计组、教育研究组，各系统组别和教育委员会组。专上教育科下设教育学院，成人教育组、认可专上学院组、海外留学生暨奖学金组。升学及就业组、训练组、语文教育学院科，负责语文学院的行政管理。
语文学院成立于1982年9月，为现职中英文教师提供进修课程，提高其语文教学水平。上述各科分别由1名助理署长负责管理。此外，教育署属下还设有注册组，新闻及公共关系组、会计组、行政组，均由副署长直接领导。1989年教育署共有在编人员6946人。
