中华人民共和国三明海关（以下简称三明海关）1993年7月18日正式开关，隶属福州海关。关区与三明市行政区划面积相同。负责办理关区内进出口货物监管、征收关税、查缉走私、编制海关统计等海关业务。
经2000年海关机构改革后，三明海关设办公室、通关科、调查科三个科室。
办公室负责内外协调；内部行政事务管理；业务单证管理。
通关科负责进出口货物监管、征税和统计工作。办理进出口货物报关、转关运输、加工贸易、征税及减免税等海关手续。
调查科负责查缉走私、稽查、企业管理等工作。办理企业登记注册、企业年检、异地报备、电子口岸等海关手续。
三明海关成立以来，认真执行党和国家方针政策，落实 “依法行政、为国把关、服务经济、促进发展”的海关方针，努力为三明外向型经济服务。到2002年8月，三明关区有海关年审合格外向型企业123家，办理了电子口岸手续87家。开通了与马尾、厦门、深圳等口岸的转关运输出口业务。三明海关将继续在把握“把关”与“服务”平衡点的同时，依法行政，为国把关，服务地方经济，努力为三明外贸出口发展做出更大贡献。
