汕头是我国沿海最早设关的口岸之一。早在1685年（清康熙二十四年）粤海关成立后，即在庵埠设立庵埠正税口，后又相继称庵埠总口、潮州总口。1853年（清咸丰三年），粤海关在汕头妈屿岛设立海关，称潮州新关，辖原庵埠总口及其所辖各口。1860年（清咸丰十年）1月，被洋税务司控制的潮海关成立，亦称洋关，这就是汕头海关的前身。1949年10月24日，汕头解放；25日，军管会接管潮海关。1950年2月，潮海关更名为中华人民共和国汕头海关，直属海关总署。1984年，海关总署决定，汕头海关升格为局级海关，直属海关总署。
目前，汕头海关关区范围包括汕头（含汕头经济特区）、汕尾、梅州、潮州、揭阳等粤东五个地级市及所属30个县（市、区），面积约3.1万平方公里，人口2000多万。陆地海岸线长330多公里。关区内有一类口岸5个（汕头港、汕尾港、南澳港、潮阳港、潮州港），空港2个，二类海运口岸12个，陆运验货场16个。
